3月，任第二战区副司令长官。指挥各抗日根据地进行反“扫荡”斗争，粉碎日军对太行山根据地的第二次“九路围攻”。

　　1940年

　　3月，指挥八路军打退国民党顽固派掀起的反共**。5月，返回延安。7月，和彭德怀、左权联名部署“百团大战”。冬，为解决边区严重的经济困难提出军垦屯田政策。

　　1941年

　　春，亲自勘察南泥湾，并号召边区军民开展大生产运动。12月，太平洋战争爆发，兼任中共中央海外工作委员会主任。

　　1942年

　　5月，出席延安文艺座谈会。是年，参加延安整风运动。

　　1943年

　　亲自主持、指导陕甘宁边区驻军的生产运动，提倡开展生产竞赛活动。

　　1944年

　　10月，和毛泽东联名发布《关于华北准备反攻工作的指示》。

　　1945年

　　4月，出席中共七大，作《论解放区战场》的军事报告。在中共七届一中全会上当选为中央政治局委员、中央书记处书记。8月，日本政府宣布要求投降。以延安总部总司令名义向解放区抗日部队连续发布七道命令，准备受降。9月，在毛泽东赴重庆谈判期间，和刘少奇提出“向北发展，向南防御”的战略方针。

　　1946年

　　6月，蒋介石发动内战。和毛泽东发表声明：我军将坚决采取自卫手段。12月1日，六十岁诞辰，中共中央为其祝寿，毛泽东题词：“人民的光荣”。

　　1947年

　　3月，国民党军进攻延安。根据中共中央决定，和刘少奇等组成中央工作委员会，前往华北进行工作。10月，和彭德怀联名发表《中国人民解放军宣言》，号召全国人民协同解放军“打倒蒋介石，解放全中国”。11月，亲自筹划、指导石家庄战役，开创对大中城市进行攻坚战的先例。

　　1948年

　　年初，主持召开华北各解放区军工会议，提出要大力发展兵工生产，为战略进攻提供军火保障。5月，赴华东野战军指导工作。秋冬，协助毛泽东指挥辽沈、淮海、平津三大战役。

　　1949年

　　3月，出席中共七届二中全会。会后和毛泽东等率中共中央机关和人民解放军总部进入北平。4月，和毛泽东联名发布《向全国进军的命令》。9月，在全国政协第一届全体会议上当选为中央人民政府委员会副主席。10月1日，被任命为中国人民解放军总司令。同月，被任命为中国人民革命军事委员会副主席。11月，兼任中共中央纪律检查委员会书记。