蝌蚪的体色由于生活环境的不同而不同，一般的蝌蚪呈橄榄色(如大蹼铃蟾Bombina (Grobina) maxima；)、棕色（如峨眉髭蟾Vbrissaphora boringii；）、黑色（如中华蟾蜍华西亚种Bufo gargarizans andrewsi；）、褐色（如宝兴树蛙Rhacophorus dugritei；）等，不过有些种类的蝌蚪体色独特，近似透明，这主要是由于生境差异，蝌蚪体内色素细胞较少而造成的，典型的如华西雨蛙川西亚种Hyla gongshanensis chuanxiensis蝌蚪、饰纹姬蛙Microhyla fissipes蝌蚪、非洲爪蟾Xenopus laevis蝌蚪、瞻星蛙科Centrolenidae的蝌蚪和红点齿蟾Oreolalax rhodosligmatus蝌蚪等。这些蝌蚪体色透明，内脏几乎都能看见。像红点齿蟾Oreolalax rhodostigmatus蝌蚪栖息环境特殊，常年穴居于喀斯特地貌溶洞中，皮肤色素较少，因而体色透明，十分可爱。这一特征在科学研究方面具有重大意义，如非洲爪蟾便成为了目前两栖动物中唯一一种比较成熟的模式动物。图2至图15示不同体色的蝌蚪。