“南昌起义”后，返回弋阳发动秋收暴动，先后任中共弋阳区委书记、中共横峰区委书记。同年11月至1928年2月，与黄道等人组织领导了弋横暴动，时任中共弋阳、横峰、贵溪、铅山、上饶五县工作委员会书记兼暴动总指挥，暴动失利后率部转入磨盘山区坚持斗争。4月，任中共弋阳县委书记，并创建工农革命军第二军第二师第十四团一营一连，领导建立了弋阳、横峰县苏维埃政府，任弋阳县苏维埃政府主席。6月，主持召开弋、横两县县委联席会议，批判了埋枪逃跑的错误主张，确定了反“围剿”斗争的基本战略。会后，赴贵溪、波阳、万年、德兴、湖口等县，发展党组织，建立革命武装，组织农民暴动。1929年，任中共信江特委书记兼中共贵溪县委书记、信江特区苏维埃政府主席，领导建立江西红军独立第一团。

　　1930年，任信江苏维埃政府革命军事委员会主席，率独立团在赣东北、闽北一带开辟根据地。先后领导了贵溪、万年等县的农民暴动，多次粉碎了国民党军的局部性“围剿”。同年7月，领导成立中国工农红军第十军。8月，当选为赣东北特区革命委员会主席。9月，当选为赣东北行委执行委员，随红十军转战赣东北。1931年3月，当选为赣东北特区苏维埃政府主席兼文化委员会主席；3月下旬，任红十军政委后当选为赣东北特委常委，率部转战贵溪、余江及闽北地区，在闽北连打11仗，连战皆捷。9月，被选为中共赣东北省委常委。同年11月，在第一次全国工农兵代表大会上当选为中华苏维埃共和国临时中央政府执行委员、主席团委员。同年当选为赣东北省苏维埃政府主席兼财政部长。1932年9月，再任红十军政委，率部二进闽北，先后攻占赤石、星村两镇和浦城等地。12月，任闽浙赣省苏维埃政府主席。1933年1月，红十军改编为红十一军，兼任政委，并组建新红十军。3月，被中华苏维埃共和国临时中央政府授予荣誉勋章。12 月，任中共闽浙赣省委书记、闽浙赣军区司令员。

　　1934年1月，在中共临时中央局召开的六届五中全会上增补为中央委员，并在第二次全国工农兵代表大会上再度当选为中央执行委员、主席团委员。11 月，红十军团与红十军合编为红十军，离开赣东北向皖南进军，时任中国工农红军北上抗日先遣队军政委员会主席，统一领导闽浙皖赣边党的组织和革命武装。 1935年1月29日，在江西玉山县怀玉山区被俘，囚于南昌国民党驻赣绥靖公署军法处看守所，严辞拒绝了国民党的劝降，实践了自己“努力到死，奋斗到死” 的誓言。8月6日，被秘密杀害于南昌市下沙窝。在狱中，著有《可爱的中国》、《狱中记实》、《我从事革命斗争的略述》等约30万字的文稿。

　　1960年，在南昌市郊梅岭修建方志敏烈士墓，毛泽东亲笔题词。1977年8月6日，举行“方志敏烈士遗骨安葬仪式”。1985年出版《方志敏文集》。