郑成功领有台湾之后，建立了台湾第一个汉人政权，也带来一波汉人移民潮。郑成功虽然在攻下台湾的同一年逝世，但继位的郑经与郑克塽持续统治台湾21年，并在陈永华的规划之下，引进中国明制的宫室、庙宇和各种典章制度，奠定了台湾在日后成为一个以汉民族文化为主的社会，而不仅仅是另一个海外华埠。因此有学者形容此役鈥溇龆ㄌㄍ宥�后四百年命运鈥潯�

　　此外，郑成功是南明最后一个具有实力的抗清领袖，他将大本营移到台湾，使得反清士气崩溃，也宣告了反清事业的结束。当时明朝遗民对郑成功颇不谅解。张煌言就说成功此举鈥溕�既非智，死亦非忠鈥潯Ｖ３晒Φ睦鲜η�谦益也赋诗表示遗憾。

　　就郑军内部来说，前往台湾也造成内部士气的崩溃，以及诸多将领投降清朝。当郑成功入主热兰遮城时，严令留守厦门的诸将搬迁家眷来台，但郑泰、洪旭、黄廷等重要将领都抗命不往，乃至于鈥湶环⒁淮�至台湾鈥潯Ｔ谔ń�士又因为水土不服大量病死，军心浮动，最后鈥溔诵幕袒蹋�诸将解体鈥潯３晒π�即病死，明郑爆发争夺权力的军事冲突，由郑经获胜继任延平王，情势才安定下来，但郑军元气大伤，不再有挑战清朝的余力。

　　在荷兰东印度公司方面，失去大员这个据点之后，鈥湺�南亚鈥敶笤保ǘ灾泄�转口）鈥敵て椋ㄈ毡荆┾�澋纳搪分卸希�对中国贸易量也急遽减少，损失甚大。荷兰东印度公司数度企图恢复这条航路，因而与清廷联手攻打郑氏。

　　1663年清荷联军攻打金门和厦门，此时郑成功已死，郑军领袖为郑经。双方在金门乌沙港交战，郑军落败，先撤往铜山，不久之后全军转往台湾，完全失去在大陆的根据地。但此役之后清廷仅赠送银两与礼物给东印度公司，并未派兵协助攻打台湾。

　　1664年8月，东印度公司占领鸡笼。同年11月，荷兰舰队与清靖海将军施琅率领的水师组成联军，准备攻打台湾，但一出海面便遭遇大风浪被迫折回。此后清廷对攻台转趋消极，东印度公司也因为连年军事行动造成财政困难，双方皆不再对台湾采取军事行动。此外，由于清廷厉行海禁，东印度公司在基隆的据点几乎无利可图，维持费用却十分庞大，因此于1668年7月自行放弃撤出。

　　至于大员长官揆一则因为投降而受到审判，被软禁于班达（Banda）群岛，直到1674年家人以25000荷盾将他赎回。1675年他出版《被遗误的福尔摩沙》一书为自己辩护。