永历十五年（1661年）三月初一，郑成功在金门举行隆重的誓师仪式。二十三日中午，郑成功亲率第一梯队自金门料罗湾出发，浩浩荡荡向东南挺进。次日清晨，舟师抵达澎湖，因荷军兵力薄弱，很快予以占领。三日后，郑军继续东征，进至柑桔屿海面时，遭风雨所阻，被迫折回。三十日，郑成功留下3000兵力驻守澎湖，率领舰队，冒着暴风雨横渡海峡，于四月初一日拂晓航抵鹿耳门港外。由鹿耳门外海进港有两条航路：一条是南航道，口宽水深，但有敌舰防守，陆上台湾城又置重炮瞰制航道，不易通过。另一条是北航道即鹿耳门航道，门阔仅里许，水中沙石淤浅，舰船触之立碎，仅一线可容三舟并进，水路长数十里，横渡可至赤嵌楼。由于航道水浅，荷兰侵略者事先又用破船堵塞，因而只有涨潮时才能通过。郑成功决定由北航道突入。四月初一中午，海潮大涨，郑成功乘机率队进发，大小战舰顺利通过鹿耳门，进入内海，将舰船分布在台江之中。台湾城上的荷军以为中国船队一定会从正面进攻，所以只在南航道岸上准备了大炮。郑成功偏偏从鹿耳门开进台江，避开了敌人的火力。荷兰军队对郑军这种出乎意料的行动惊慌失措，来不及调整大炮，只好仓促出动夹板船到海面阻击，郑军水师冲过荷军防线，先在赤嵌楼以北的禾寮港登陆，接着在鹿耳门方向登陆成功。台湾人民见郑军到达，争先恐后前来接应，郑军很快站稳脚跟。

　　郑军顺利登陆后，荷兰侵略者的要塞赤嵌楼、台湾城及仅有的几艘战舰，便暴露在郑军面前，处于分隔被围状态。但荷兰侵略军妄图凭借船坚炮利和城堡坚固，从水陆分兵，乘郑军立足未稳，实施反击。海面上，荷兰侵略军以四艘舰船阻击郑军，郑成功以60艘战船把荷舰包围起来，双方展开激烈炮战。郑军战舰装备虽不如荷军，但水兵们英勇顽强。结果，击沉敌主力舰一艘，炸毁甲板船一艘，其余漏网逃走。在陆上，荷兰舰长贝德尔率领240名士兵向郑军反击。郑将陈泽率4000人，以大部兵力正面迎击，以七八百人迂回到敌军侧后，前后夹击。结果，贝德尔毙命，荷军被歼180多人，只有少数人逃回台湾城。荷兰侵略军海陆两战失败后，仍企图固守赤嵌楼、台湾城这两座孤立的城堡。郑成功一面派兵切断荷军水陆交通，一面乘胜进攻赤嵌楼。台湾人民也纷纷自动武装起来，协助郑军打击荷兰侵略者。四月初四，赤嵌楼的水源被台湾人民切断，描难实叮被迫率部投降。四月初七，郑成功除留一部兵力扫清其他地方的残敌外，亲自督师围攻台湾城。